Mega分子进化遗传分析软件Molecular Evolutionary Genetics Analysis 简称MEGA 060532

Mega是一种进行对齐，推断系统认知树，估计分歧时间，在线数据库，估计分子进化率的综合工具060532，推断祖先序列假设。大量实验室中的生物学家使用了大型巨型，以培育特殊的进化组织，并推断选择性力的扩展和性质，塑造了基因和物种的演变。MEGA进化树是一款功能极为强大的分子进化遗传分析软件，MEGA进化树官方版全称：Molecular Evolutionary Genetics Analysis。它是一款专业的进化树软件，用于分析来自物种和种群的DNA和蛋白质序列数据，可用于序列比对、进化树推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。

对齐序列（使用GUI）

1. Mega 支持使用Clustalw 和Muscle程序的序列对齐。
2. 在分析探索器（对齐器 – >主菜单中的打开对齐探索器 ）中进行对齐（或细化）。
3. 我们要么可以从空白对齐开始（如果我们是从 NCBI导入的序列，或者没有兼容序列文件），或者是从兼容的序列文件中开始的。
4. 借助我们在对齐探索器（AE）中的序列，我们从菜单中选择对齐，然后选择Clustalw 或Muscle。
5. 将对齐参数设置为您想要的值，或者将选项独立于使用默认值。单击计算/确定。
6. 根据序列的长度和数量，您可能会在对齐时看到进度栏。
7. 对齐序列将替换对齐探险器中先前未对准的序列。现在，您可以将它们导出到 大型 或FastA格式进行分析。

进行分析（使用GUI）

（注意：必须在进行分析之前对齐序列 。）

1. 选择您希望从主窗口中的顶部工具栏运行的分析。
2. 向您显示此分析的选项列表。您只能更改在白盒中绘制的选项。单击计算。
3. 根据分析的长度，您可能会在分析运行时看到进度栏。
4. 您的输出将显示为树，矩阵，文本等。
5. 在大多数结果中，将有节省分析的选项。这通常位于结果窗口的文件或数据菜单中。

从命令壳执行分析

1. 使用Mega的命令行接口时，所有计算以相同的方式启动。
2. 在Mega Main Form中，单击原型 按钮，然后指定将用于分析的输入数据的类型。
3. 选择您希望从主窗口中的顶部工具栏运行的分析。
4. 显示“选项”对话框时，选择所需的选项或使用默认的选项。单击保存设置以将选项保存到.mao文件。
5. 从命令外壳中，用.mao文件执行MEGACC命令，并输入数据文件作为参数。

本页收录的具体版本如下：
MEGA 12.0.9
MEGA 11.0.13
MEGA 10.2.6
MEGA 7.0.26
MEGA 6.0.6