Thermo ProSightPC质谱数据中识别和表征蛋白质和肽分析软件060563。它根据来自完整和消化蛋白质的MS/MS实验（或任何MSn实验）的大量数据进行操作。可使用ProSightPC delta‑m（Δm）模式及其在UniProtKB XML和平面文件中搜索数据库的功能。
需要thermo分析软件，质谱数据处理请咨询。ProSightPC是一套旨在从质谱数据中识别和表征蛋白质和肽的工具。它根据来自完整和消化蛋白质的MS/MS实验（或任何MSn实验）的大量数据进行操作。对于准确的MS/MS数据，它可以产生高度自信的标识，还可以自动检测和注释UniProtKBXML和平面文件格式的数据库文件中的翻译后修改。该应用程序可以识别光谱中的不止一种肽或蛋白质，并包括生物标志物搜索模式以确定蛋白质是否被截短。ProSightPC应用程序补充了蛋白质组发现器应用程序，最好与它一起使用，以查找新的或意外的修改。为了识别这些意外的修改，您可以使用ProSightPC delta‑m（Δm）模式及其在UniProtKB XML和平面文件中搜索数据库的功能。尽管您可以使用任何一种工具搜索自下而上和自上而下的实验，但ProSightPC应用程序特别适合自上而下的实验。Proteome Discoverer应用程序更适合自下而上的实验。
功能特色
1、ProSightPC应用程序
ProSightPC应用程序可以处理大量搜索，以帮助您识别和表征高分辨率数据的蛋白质和肽。它可以创建用于批处理的自动迭代搜索，包括带有决策点的搜索树，以帮助创建有用的搜索。它支持超高分辨率MS/MS数据，例如自上而下和中间向下/自下而上的LC/MS/MS数据。ProSightPC应用程序在一个PUF文件上运行，该文件打开后会上传到内存中，并可用于各种搜索和数据可视化工具。此外，ProSightPC应用程序还包括几个工具，用于从赛默飞世尔科学公司的原始数据文件中导入LC/MS/MS和串联MS数据，识别和消除化学噪声峰值，以及执行其他实用功能。它可以以原始数据格式、ProSightPC上传格式（PUF）或存储库处理和存储数据。
2、蛋白质组仓库
ProSightPC应用程序创建蛋白质组仓库，这些仓库是用于识别和表征蛋白质数据的数据库集合。它包含基于其测序基因组的特定生物体的所有蛋白形式。它存储许多类型的信息，包括已知和预测的蛋白质序列、翻译后修饰（PTM）、交替剪接形式和编码SNPs（cSNP）。蛋白质组仓库包含单同位素和平均质量信息，并被组织以促进蛋白质鉴定和表征。蛋白质组仓库中的每个生物体都接收自己的数据库。您可以从UniProtKBXML和平面或FASTA格式的文本文件创建自定义数据库。
仓库中的数据库是SQLite关系数据库，您可以使用其他第三方应用程序查看这些数据库。此外，您可以在计算机之间移动它们。ProSightPC应用程序搜索这些数据库，试图找到与从自上而下和中间向下/自下而上的蛋白质组学MS实验的质谱数据推断出的质量值的匹配。ProSightPC应用程序支持创建自上而下和中间向下/自下而上的数据库：•自上而下（无样本蛋白水解）数据库是围绕完整的蛋白质序列以及生物系统中可能发生的一切建立的。•中间向下/自下而上（样品蛋白水解）数据库是围绕活生物体外蛋白水解产生的肽序列建立的。如果样品制备方案中涉及胰蛋白酶或赖氨酸-C或任何其他蛋白水解剂，请选择此设置。
3、搜索类型
ProSightPC应用程序支持此表中显示的搜索类型。每个搜索引用的主题都包含运行搜索的建议。
4、迭代搜索
您可以在ProSightPC应用程序中构建一个自动的、迭代的、基于分数的搜索树。您可以选择预定义的搜索、指定条件、选择操作和选择类别。所有实验都经过第一级的搜索逻辑，接下来采取的行动取决于每个实验的搜索结果。如果实验结果通过您设置的条件，例如，如果至少有一个匹配的蛋白形式收到的期望值（e值）小于1E-4-，则可以将实验加载到所选类别，或者指示执行第二级搜索。该图说明了这种方法。
ProSightPC界面支持两个级别的搜索，但如果您是高级用户，则可以通过编辑包含搜索树的XML文件来定义具有无限级别的搜索树。
5、数据库管理器
数据库管理器为管理蛋白质组仓库和存储库提供了一个点击式环境。它导入和导出ProSightPC蛋白质组仓库（PSCW）文件和存储库（PSPH）文件，使您能够创建自己的蛋白质组数据库和存储库。PSCW和PSPH文件采用自定义格式，其中包含数据库、修补程序和存储库。
6、数据管理器
数据管理器是ProSightPC图形用户界面的一部分，它提供了与单个MS/MS实验相关的所有信息的可视化表示。使用它可以查看单个实验的所有信息。您可以使用其上下文相关控件来确定显示的信息。
7、序列凝视器
序列凝视者™在ProSightPC图形用户界面中是用于将MS/MS数据与已知蛋白质序列进行比较的交互式环境。序列凝视器通过选择性地向蛋白质序列中的氨基酸添加或去除PTM或定制物质来表征先前鉴定的蛋白质。一旦你对氨基酸进行了所有的修改，你就可以重新评估离子数据了。您可以使用序列凝视器来测试关于存在哪些PTM的假设。你也可以用它来完全表征蛋白质。搜索单一蛋白质解释了如何使用序列凝视器进行单一蛋白质搜索。
8、ProSight精简版
ProSight-Lite是一个单独的免费软件，您可以使用它来查看单个蛋白形式的结果并生成可供发布的片段图。
9、实验管理员
实验管理器提供了一个简单的界面，用于管理PUF文件中的多个MS/MS实验。
10、PTM层编辑器
ProSightPC应用程序将所有PTM分组为多层结构，使您能够快速查找和选择PTM。使用PTM层编辑器包括或排除PTM，并查看和更改PTM的层分配。
11、片段预测器
片段预测器获取已知的蛋白质序列，并返回所有可能的b、y、c和z片段离子质量。您可以使用它向蛋白质序列中的任何氨基酸添加PTM或任意自定义质量，并查看预测的片段离子质量。有关碎片预测器功能的信息，请参阅使用碎片预测器查看碎片离子。
12、字体转换器
字体转换器将文本转换为ProSightPC片段地图字体，用于显示N端和C端片段。
本页收录的具体版本如下：
ProSightPC v4.1.22 完美激活版
